Das limbische System ist als Entstehungsort von Emotionen und Affekten der Sitz des psychischen Verhaltensmusters. Die wichtigsten Grundfunktionen des limbischen Systems sind emotionale Verhaltensbewertung und -steuerung sowohl negativer Ereignisse wie Flucht, Verteidigung und Stress als auch positiver Erlebnisse.

Auch sensorische Informationen aus der Peripherie gelangen über das periphere Nervensystem zum limbischen System und lösen nach deren Interpretation adäquate emotionale Reaktionen aus. Psychische Erkrankungen wie Depression oder Angststörungen werden damit erklärt, dass die „Normalfunktionen“ limbischer Zentren verändert sind. Es bestehen deutlich von der Norm abweichende Schwankungen in der Produktion und Interaktion der Neurotransmitter Dopamin, Serotonin und Noradrenalin. Es kann ein bestimmtes limbisches Zentrum betroffen sein oder eine Störung des Gleichgewichts zwischen verschiedenen Zentren vorliegen. Das limbische System steht auch in enger Interaktion zum Hypothalamus, welcher vegetative Funktionen wie Körpertemperatur, Energie- und Wasserhaushalt, Wach-Schlaf-Rhythmus, Nahrungsaufnahme, Libido und Sexualverhalten reguliert. Der Hypothalamus greift über Releasinghormone in den hypophysären Hormonstoffwechsel ein und übt so Einfluss auf die Funktionen von Schilddrüse und Nebenniere sowie auf Stoffwechselvorgänge aus. Bei chronischem Stress können die verschiedenen Hormondrüsen in unterschiedlicher Reihenfolge dekompensieren. Zuerst erschöpfen sich die Nebennieren, dann folgt die Bauchspeicheldrüse, später die Schilddrüse, und am Ende trifft es die effektorischen Drüsen der Geschlechtshormone. Hierbei besteht auch eine enge Beziehung zwischen Nebennieren und Schilddrüse. Kortisol wirkt hierbei als Gegenspieler zu den Schilddrüsenhormonen, da es die Umwandlung von T4 in T3 und die Ausschüttung von TRH blockiert. Zudem kann die Verwertung von T3 bei einem Hypokortisolismus nachlassen. Eine Nebennierenschwäche kann dauerhaft eine latente Hypothyreose nach sich ziehen. Auch das Progesteron arbeitet eng mit den Schilddrüsen- und Stresshormonen zusammen. Sinkt nämlich durch chronischen Stress der Progesteronspiegel, kommt es infolge zu einer relativen Östrogendominanz. Diese kann wiederum dazu führen, dass vermehrt schilddrüsenhormonbindende Proteine gebildet werden und daraus eine subklinische Hypothyreose entsteht. Ebenso kann es zu einer Erhöhung der Bildung kortisolbindender Proteine kommen, was eine weitere Reduktion der Kortisolproduktion nach sich zieht.